非法携带毒品原植物种子罪的立案标准是：
1、非法携带罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；
2、非法携带大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；
3、非法携带其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。
【法律依据】
《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》第
非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；
（二）大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；
（三）其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。